RNA pull down（RNA和蛋白互作）

RNA pull down是體外研究RNA與蛋白互作的一項重要技術(shù)。該技術(shù)是用biotin標(biāo)記體外轉(zhuǎn)錄的靶RNA分子，再用鏈霉親和素純化出與靶RNA結(jié)合的蛋白復(fù)合體，洗脫得到RNA結(jié)合蛋白質(zhì)。再通過Western blot實驗檢測特定的RNA結(jié)合蛋白是否與靶RNA結(jié)合；或通過質(zhì)譜儀檢測可以篩選出與靶RNA結(jié)合的蛋白。

biotin與鏈霉親和素間的作用，是目前已知強度最高的非共價作用。其中，活化biotin可以在蛋白質(zhì)交聯(lián)劑的介導(dǎo)下，與已知的幾乎所有生物大分子偶聯(lián)。因此，用biotin標(biāo)記核酸后，可以純化出與該核酸結(jié)合的各種生物大分子復(fù)合物。

實驗流程

• 探針設(shè)計及標(biāo)記：體外轉(zhuǎn)錄或合成獲取RNA，biotin標(biāo)記;

• pull-down：與細(xì)胞裂解液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈霉親和素磁珠結(jié)合，從而把靶RNA結(jié)合蛋白從細(xì)胞裂解液中分離出來，經(jīng)過洗滌將非特異性結(jié)合蛋白質(zhì)去除；最后，洗脫得到與靶RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)復(fù)合物；

• 互作蛋白質(zhì)鑒定：再經(jīng)過Western Blot或質(zhì)譜(MS)鑒定蛋白質(zhì)。

服務(wù)內(nèi)容

• 體外轉(zhuǎn)錄或合成RNA，biotin標(biāo)記；

• 細(xì)胞培養(yǎng)與細(xì)胞裂解液制備；

• pull-down捕獲互作蛋白；

• Western blot驗證特定的蛋白；

• MS鑒定潛在的互作蛋白。

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