DNA Pull Down是一種研究DNA與蛋白互作的方法。其原理是：標記的DNA片段結(jié)合在鏈霉親和素磁珠上，再與核蛋白孵育，從而捕獲并純化出與DNA片段互作的蛋白。捕獲的蛋白一方面可以通過Western blot驗證某一特定蛋白是否與靶DNA片段結(jié)合；另一方面也可以進行質(zhì)譜鑒定，篩選出與DNA片段可能互作的蛋白質(zhì)。

　　鏈霉親和素之間的相互作用是已知的強烈的非共價相互作用。其中，活化的可以與幾乎所有已知的由蛋白質(zhì)交聯(lián)劑介導的生物大分子偶聯(lián)。因此，用標記核酸后，可以利用和鏈霉親和素之間的親和相互作用來純化多種生物分子復(fù)合物。

　　DNA下拉實驗從設(shè)計用于目標區(qū)域的DNA探針開始，該探針用脫硫標記，并與與磁珠偶聯(lián)的鏈霉親和素結(jié)合。細胞核提取物與珠子-DNA探針一起孵育以純化與目標DNA片段結(jié)合的蛋白質(zhì)復(fù)合物，然后將其洗脫以獲得DNA片段的結(jié)合蛋白質(zhì)。

　　DNA pull down是體外研究DNA與蛋白互作的有力工具。該技術(shù)將標記的DNA片段結(jié)合在鏈霉親和素磁珠上，再與細胞核蛋白孵育，純化出與DNA片段互作的蛋白，洗滌洗脫得到的蛋白產(chǎn)物，做western-blot檢測特定蛋白是否與靶DNA片段結(jié)合；做質(zhì)譜鑒定即可篩選出與DNA片段可能互作的蛋白信息（如具體某個或某些轉(zhuǎn)錄因子/組蛋白等）。